El deterioro ambiental de la cuenca. Algunas de las mayores preocupaciones respecto al manejo de los recursos naturales son:
- Dependencia hídrica de otras cuencas, ilegalidad en el uso del agua, baja disponibilidad hídrica de buena calidad en las zonas rurales, manejo y uso irracional del recurso hídrico en la zona rural. Las captaciones directas de microcuencas internas del valle de Aburrá y la debilidad técnica en el manejo de acueductos comunitarios añade problemas de suministro de agua potable, sobretodo entre la población rural; sin embargo, se entiende la alternativa de acueductos veredales como un factor de permanencia de esta población y de preservación de actividades agroproductivas en el entorno rural.
- Desarticulación de obras hidráulicas, inadecuadas obras hidráulicas, ausencia de mantenimiento y rehabilitación de cauces naturales y obras hidráulicas, aumento de escorrentía, insuficiencia de la capacidad hidráulica.
- Alto vertimiento de aguas residuales no tratadas, inadecuado tratamiento de excedentes industriales, pérdida de calidad de agua en fuentes hídricas urbanas y baja oferta local (interna del valle) de agua potable, importación de agua potable para buena parte de las zonas urbanas desde subregiones vecinas.
- Altos procesos morfodinámicos, amenaza sísmica media, intervención y degradación del paisaje, pérdida de vegetación, aumento de erosión y sedimentación en corrientes.
- Alta impermeabilización de las zonas de recarga de acuíferos, aprovechamiento informal del recurso, contaminación de las aguas subterráneas.
- Deterioro de la calidad del aire por emisiones de contaminantes industriales Y por emisiones de material particulado del parque automotor
- Alta generación de residuos sólidos, escasa separación de los residuos en la fuente, bajo aprovechamiento de los recursos, relación poco efectiva de la comunidad y las instituciones encargadas de la recolección, disposición y manejo de los residuos.
- Acelerada extinción local de flora
